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Lo studio della produzione filosofica di Gentile non può prescindere dalla considerazione della sua incessante attività di organizzatore culturale in cui si distinse, prima insieme a Benedetto Croce, e poi, senza di lui, a partire dal 1924. Con Croce, oltre a curare alcune collane editoriali, crearono la Critica nel 1903, la rivista che divenne l'organo di diffusione dell'idealismo italiano e un importante punto di riferimento della cultura europea. Dalle pagine della Critica Gentile ebbe modo di partecipare al dibattito filosofico italiano e di rispondere alle critiche che venivano mosse alla sua filosofia. Nel 1907, qualche mese prima del VI Congresso della Federazione degli insegnati delle scuole medie, al quale partecipò come relatore, Gentile fondò, insieme a Giuseppe Lombardo Radice, una rivista pedagogica dal titolo Nuovi Doveri che si fece portavoce dell'esigenza di cambiamento che Gentile avvertiva per la scuola italiana e che culminò con la riforma del 1923-24. Mentre sviluppava il suo attualismo, Gentile avvertì il bisogno di creare una rivista propria che fosse l'organo di diffusione della sua filosofia e della sua scuola filosofica: nel 1920 nacque il Giornale Critico della Filosofia Italiana che riuniva tutti coloro che al sistema gentiliano si ispiravano o che si erano formati nella sua scuola e a quali la rivista offriva la possibilità di pubblicare testi che sarebbero loro risultati utili per carriere e concorsi. Durante la prima guerra mondiale Gentile iniziò a collaborazione con diversi giornali, tra cui il Resto del Carlino e il Nuovo Giornale di Firenze, per promuovere, durante la guerra, la sua battaglia contro l'attendismo (gli articoli saranno poi pubblicati nei due volumi Guerra e Fede del 1919 e Dopo la vittoria del 1920) e dopo il conflitto per tentare di dirigere la ricostruzione culturale e politica della nazione.
Nello stesso periodo Gentile iniziò a definire meglio i caratteri del proprio impegno politico: vide nel nascente partito fascista, la forza nuova in grado di traghettare l'Italia nel delicato periodo del dopoguerra e l'unico in grado di assicurarle un governo e uno Stato forte e stabile. Nel 1923 venne nominato dal governo Mussolini ministro della Pubblica Istruzione e nello stesso anno si iscrisse al partito; benché si dimise dal governo nel 1924, dopo l'assassinio di Matteotti, più per difendere l'operato di Mussolini che per dissociarsi dall'accaduto, esercitò sempre un controllo sulla politica del governo, controllo che gli permise di combattere, ma non sempre di vincere, i tentativi di modifica della riforma della scuola promossi dai ministri che gli succedettero. Durante la sua militanza nel partito, Gentile, oltre che direttore di numerose riviste e collane, e curatore di varie opere, fu, tra l'altro: nel 1924 Presidente della Commissione dei Quindici,1925 Presidente della Commissione dei Diciotto, dal 1925 al 1937 Presidente dell'Istituto Nazionale Fascista di Cultura, ideatore e dal 1925 Direttore Scientifico della Enciclopedia italiana, dal 1926 al 1928 Presidente del Consiglio Superiore della Pubblica Istruzione, dal 1928 R. Commissario della Scuola Normale Superiore di Pisa e dal 1932 Direttore della stessa, dal 1932 Presidente dell'Istituto Italiano di Studi Germanici, dal 1933 Presidente dell'Istituto Italiano per il Medio ed Estremo Oriente, dal 1941 Presidente della Domus Galileana di cui fu promotore, dal 1943 Presidente dell'Accademia d'Italia. Senza dubbio l'Enciclopedia Italiana rimane la sua iniziativa più importante: essa fu realizzata da Gentile nel 1925 grazie all'aiuto finanziario e organizzativo dell'industriale Treccani.
Il manifesto che annunciava a grandi linee l'opera, uscì il 26 giugno 1925 ed era seguito da un elenco di 1410 collaboratori. Il primo volume dell'Enciclopedia apparve nel 1929, dopo quattro anni di gestazione; all'opera avrebbero dovuto contribuire tutti gli intellettuali italiani, perché essa, nei programmi di Gentile, doveva rappresentare una sorta di monumento alla unità della cultura italiana. Ma poche settimane prima dell'uscita del manifesto dell'Enciclopedia, era stato pubblicato da Gentile Il Manifesto degli intellettuali fascisti a cui Croce aveva risposto col Manifesto degli intellettuali antifascisti: gli intellettuali italiani dovettero scegliere da che parte stare, e malgrado le ripetute rassicurazioni dello stesso Gentile sull'imparzialità dell'opera, alcuni abbandonarono la redazione per la censura che le loro voci subirono sulle pressioni esercitate in particolar modo dal Vaticano (esemplari furono le polemiche tra Gentile e padre Gemelli, rettore dell'Università Cattolica, e tra Gentile e padre Tacchi Venturi, rappresentante delle autorità ecclesiastiche all'interno della redazione). Sebbene queste defezioni influirono sullo sviluppo dell'opera, l'Enciclopedia ebbe comunque una considerevole base di collaboratori, anche tra gli intellettuali antifascisti ed ebrei; e questo le consentì un certo prestigio e imparzialità, frutto della regia di Gentile e della diplomazia che il filosofo spesso usò per controbattere agli attacchi che arrivavano dai fascisti radicali e dall'area cattolica (in particolar modo dopo il Concordato). Negli ultimi anni del regime, Gentile, che era ormai diventato un personaggio scomodo per molti fascisti (tanto da far circolare, dopo la morte, la voce che erano stati gli stessi fascisti ad ucciderlo), venne destinato a ruoli culturalmente importanti (fu presidente dell'Accademia d'Italia), ma politicamente poco rilevanti.