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Gentile sentì sempre il suo ruolo di insegnante come una missione. La riforma della scuola che egli attuò nel 1923-24, quando era ministro della Pubblica Istruzione, e che difese lungo tutto il restante arco della sua vita contro i tentativi di modificarla, è il risultato di venti anni di riflessioni sul ruolo della scuola nella formazione della coscienza nazionale degli italiani. La sua prima opera pedagogica, L'insegnamento della filosofia nei licei, risale al 1900, poco dopo aver iniziato ad insegnare; argomento dell'opera, come si evince dal titolo, è la filosofia e il suo insegnamento nella scuola secondaria. Fin dai suoi esordi pedagogici Gentile affida all'insegnamento della filosofia un ruolo centrale perché questo permette una formazione generale dello spirito che prepara a tutte le facoltà universitarie. Il principio di una filosofia regina delle scienze ha un'importanza cruciale per comprendere lo sviluppo della pedagogia di Gentile e la struttura che egli diede alla scuola italiana dopo la riforma. Tredici anni dopo il primo saggio, la pedagogia gentiliana viene sistematicamente esposta nel Sommario di pedagogia come scienza filosofica.

Esso si articola seguendo due principi, cui sono rispettivamente dedicate le due parti del testo:
1) il superamento della dualità di educatore ed educando nella dialettica nell'atto educativo
2) il rifiuto di ogni contenuto particolare dell'insegnamento e di ogni regola didattica.

Gentile critica nel saggio le comuni distinzioni dualistico-pedagogiche (tipiche dell'impostazione positivista), e particolarmente quella fra contenuto e forma dell'insegnamento, fra materia da far apprendere e metodo con cui fare apprendere.
Non esiste un metodo che, nella sua astratta generalità, valga per ogni materia : ogni materia, ogni argomento è metodo a se stesso, non è cioè nozione astratta e isolata da memorizzare, ma atto di ricerca attiva e creativa; le indicazioni di metodo possono servire all'insegnante solo nel delineare la fase di preparazione all'atto di insegnare in cui, poi, l'insegnante stesso supererà la dualità con l'allievo permettendo ad entrambi, in questo modo, di pensare l'unica verità. La pedagogia di Gentile, come tutta la sua opera, risente di un impostazione morale ed etica di fondo che mira a formare, prima che specialisti dell'insegnamento, "persone moralmente degne di esserlo"; la subordinazione delle materie scientifiche a vantaggio delle materie cosiddette umanistiche rispondeva, a quei tempi, alla precisa esigenza di formare quello spirito nazionale e quell'unità che ancora, sia l'alto tasso di analfabetismo, sia la confusione politica, non aiutavano a cementare; secondo l'impostazione gentiliana, la scuola doveva contribuire all'unità del popolo italiano, ma non era, come oggi probabilmente diremo, di massa: la formazione filosofica doveva restare un privilegio per i pochi che l'ingegno, o il benessere economico, destinavano agli studi più alti. La scuola dopo la riforma Gentile divenne, seguendo questa esigenza, molto selettiva (introdusse l'esame di Stato) e per certi versi classista. Molti dei tentativi che furono fatti per modificare la sua riforma, quand'egli non era più ministro, partirono proprio dalla piccola e media borghesia, desiderosa di diplomi per i propri figli e poco incline ad una tale selettività.
Discorso a parte merita l'insegnamento obbligatorio della religione cattolica nella scuola elementare per cui Gentile si batté sempre. Nel sistema filosofico gentiliano la religione ha un ruolo intermedio tra l'arte e la filosofia; come tale il suo insegnamento è da considerarsi propedeutico alla filosofia perché offre al bambino le prime basi per una visione complessiva del mondo. La religione insegnata nelle scuole doveva essere la cattolica perché questa, a suo giudizio, era la forma spirituale storica del popolo italiano ma doveva, nel proseguo dell'iter degli studi, essere inglobata e superata dallo studio della filosofia. Merito della riforma di Gentile fu, tra l'altro, di permettere la partecipazione alla vita scolastica dei bambini sordi e muti, consentendo anche a loro di ottenere una certa cultura.